Казахский национальный аграрный университет (КазНАУ) имеет 85-летнюю историю развития и является одним из старейших высших учебных заведений страны по подготовке кадров для водного сектора экономики и АПК. Подготовка специалистов по специальностям «Водные ресурсы и водопользование» и «Мелиорация, рекультивация и охрана земель» осуществляется на кафедре «Водные ресурсы и мелиорация» факультета «Гидротехника, мелиорация и бизнес». В настоящее время количество обучающихся – будущих гидротехников – составляет: 430 бакалавров, 26 магистрантов и 9 докторантов. Ежегодно в университете по программе Летней и Зимней магистерских школ «Управление водными ресурсами» обучаются десятки магистрантов.

НИЦ МКВК сотрудничал с КазНАУ в реализации проекта «Наращивание потенциала интегрированного планирования и управления водными ресурсами Центральной Азии» и проведении семинаров.